|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v rodě Globba (Zingiberaceae)
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Zedek, František (oponent)
Variabilita velikosti genomu dosahuje u rostlin několika řádů i v rámci poměrně příbuzných skupin. Studiem velikosti genomu ve fylogenetickém kontextu je dosahováno zajímavých výsledků charakterizující evoluci jednotlivých skupin rostlin. V tomto směru doposud nebyly zkoumány tropické rostliny. Tropický rod Globba (cca 100 druhů) patří do ekonomicky významné čeledi Zingiberaceae. Centrum diverzity rodu se nachází v Thajsku, ale rozšíření sahá od východní Indie a jižní Číny až po Indonésii a Filipíny. Jedná se o polyploidní komplex s výskytem dvou cytotypů v rámci jednoho druhu (2n = 32 a 2n = 48) charakteristickým minimálně ve třech ze sedmi rozlišovaných sekcí. Cílem této práce byla rekonstrukce fylogeneze skupiny, zjištění role polyploidie a zhodnocení evoluce velikosti genomu rodu Globba ve fylogenetickém kontextu, k čemuž bylo využito moderních biosystematických metod (průtoková cytometrie, počítání chromozómů, sekvenování jaderných a chloroplastových DNA úseků). Ke zpracování a vyhodnocení dat bylo použito četných softwarů a statistických metod. Velikost genomu byla v této skupině měřena poprvé. Z 87 jedinců byla nejmenší velikost genomu naměřena u druhu Globba nuda (2C = 1,11 pg). Největší velikost genomu byla zjištěna u druhu Globba sp. E20110277 (2C = 3,84 pg). Průměrná hodnota činila 2C =...
|
|
|
The evolution of Elettariopsis (Zingiberaceae)
Hlavatá, Kristýna ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Dančák, Martin (oponent)
Tato práce si klade za cíl podat komplexní vhled do problematiky rodu Elettariopsis Baker, posledního nerevidovaného rodu v podčeledi Alpinioideae (Zingiberaceae). Na sekvenčních datech z úseků ITS, matK, a DCS jsou provedeny fylogenetické analýzy, které jsou korelovány s absolutní velikostí genomu a biogeografickým rozložením vzorků. Z výsledků je zřetelné, že Elettariopsis jakožto rod je jen slabě podpořen a silně podpořen je pouze po spojení s některými druhy rodu Amomum Roxb., včetně typového druhu A. subulatum. Absolutní velikost genomu je v této skupině větší, než v mimoskupině (outgroup) tvořené zástupci podčeledi Zingiberoideae. Ze sekvenčních dat dále vyplývá, že Elettariopsis je rozdělen do dvou silně podpořených skupin, skupiny F a skupiny G, z nichž každá zahrnuje několik silně podpořených skupin. Z analýzy absolutní velikosti genomu se ukazuje, že absolutní velikost genomu je vyšší ve skupině Fnež ve skupině G. Tyto dvě skupiny se rovněž liší svým biogeografickým rozložením; skupina "E. triloba/E. unifolia" se vyskytuje pouze ve Vietnamu, Laosu a Thajsku, zatímco zástupci skupiny "E. curtisii" se vyskytují rovněž v Singapuru a v Indonésii (na Borneu). Klíčová slova: Zingiberaceae, Elettariopsis, jihovýchodní Asie, ITS, matK, DCS, absolutní velikost genomu
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v rodě Globba (Zingiberaceae)
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Zedek, František (oponent)
Variabilita velikosti genomu dosahuje u rostlin několika řádů i v rámci poměrně příbuzných skupin. Studiem velikosti genomu ve fylogenetickém kontextu je dosahováno zajímavých výsledků charakterizující evoluci jednotlivých skupin rostlin. V tomto směru doposud nebyly zkoumány tropické rostliny. Tropický rod Globba (cca 100 druhů) patří do ekonomicky významné čeledi Zingiberaceae. Centrum diverzity rodu se nachází v Thajsku, ale rozšíření sahá od východní Indie a jižní Číny až po Indonésii a Filipíny. Jedná se o polyploidní komplex s výskytem dvou cytotypů v rámci jednoho druhu (2n = 32 a 2n = 48) charakteristickým minimálně ve třech ze sedmi rozlišovaných sekcí. Cílem této práce byla rekonstrukce fylogeneze skupiny, zjištění role polyploidie a zhodnocení evoluce velikosti genomu rodu Globba ve fylogenetickém kontextu, k čemuž bylo využito moderních biosystematických metod (průtoková cytometrie, počítání chromozómů, sekvenování jaderných a chloroplastových DNA úseků). Ke zpracování a vyhodnocení dat bylo použito četných softwarů a statistických metod. Velikost genomu byla v této skupině měřena poprvé. Z 87 jedinců byla nejmenší velikost genomu naměřena u druhu Globba nuda (2C = 1,11 pg). Největší velikost genomu byla zjištěna u druhu Globba sp. E20110277 (2C = 3,84 pg). Průměrná hodnota činila 2C =...
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
host ::
RSS.